Si chiama metagenomica l’approccio scientifico basato sull’uso di tecniche genomiche moderne per lo studio di comunità microbiotiche. Queste non vengono prelevate e coltivate in laboratorio ma, al contrario, vengono studiate direttamente nel loro ambiente naturale. Ad oggi è usata soprattutto negli ambienti acquatici e terricoli, ma non si esclude che in futuro si potrà applicare anche all’atmosfera.
La metagenomica è nata grazie a Carl Woese e Norman Pace nel 1981 e si è fin da subito rivolta a tutti gli organismi di difficile coltivazione, per diverse cause. Il termine “metagenomica” è stato usato per la prima volta, però, quasi vent’anni dopo da Jo Handlesman, Jon Clardy, Robert M. Goodman e Sean F. Brady in una pubblicazione specifica. “Metagenoma” si riferisce al concetto di una collezione di geni sequenziati dall’ambiente, che può essere studiata allo stesso modo in cui è studiato un singolo genoma.